不具合を解決することが出来ましたので再度報告いたします。

元にしたemacs: emacs-20.3
patch:         20.3+canna+wnn+sj3-19981022.tar.gz
system:        Linux 2.2.7 (Slackware 3.1 base)
gcc:           gcc version pgcc-2.91.60 19981201 (egcs-1.1.1 release)
libc:          5.4.46
X11:           XFree86-3.3.3.1
Canna:         version 3.5
CONFIG_OPTION: --with-x-toolkit=athena --prefix=/usr/local/test
               --with-canna --with-canna-includes=/usr/local/canna/include
               --with-canna-libraries='-lcanna -lRKC'

ボイントその１： 中島 薫 <knak@ceres.dti.ne.jp>さんより
configureのoptionで、--with-cannaを指定しただけでは、必要なライブラリ
libRKC.soがリンクされないので明示的に指定する必要がある。

＃End User的には、こういう部分もconfigureが判断してくれるとありがたい
＃のですが……。libRKC.soなんていうのがあることすら知らなかったくらい
＃ですから。

ポイントその２：Takeshi YAMADA <yamada@cslab.kecl.ntt.co.jp>さんより
kinput2のウィンドウが開いてしまうというのは、FAQだったようです。
自分の場合は~/.Xresourcesに

Emacs*inputLang: C

と指定し、Emacs*xnlLanguageは設定せずにおくことで回避できました。

以上で再報告を終ります。